经营企业在汇算清缴时补交企业所得税的账务处理流程如下： ①记录企业所得税应税收入：在汇算清缴时，申报补扣企业所得税的企业，将按照税务机关要求准备原始凭证并录入会计科目应税收入，科目代码为2202应交税费-企业所得税； ②记录企业账务处理：应税收入录入后，在记账凭证中增加相应企业所得税付款记账凭证，科目代码为2203应交税费-企业所得税； ③汇总汇算清缴申报：季度汇总汇算清缴的企业，需要按照规定的税率补交欠缴的税款，这部分税款也属于本季度企业所得税，账务处理流程和普通企业所得税的账务处理方式一致； 拓展知识：汇算清缴是指企业根据当期已完成的重要经济业务，通过普通申报和汇总申报的方式，核实、调整企业所得税应缴纳款项，按照税务机关要求支付或补交欠缴税款，完成税务收支结算的方式。