施工单位在工程所在地缴纳增值税时只能抵扣分包和劳务的专票，不能抵扣材料专票，原因是有关法规规定，一般就业单位只能抵扣分包和劳务，材料专票不能抵扣。施工单位需要缴纳增值税时，可以把分包和劳务的专票作为增值税的抵扣，减少缴纳增值税的金额，但材料专票不能用来抵扣增值税。拓展知识：施工单位在缴纳增值税时，除了可以抵扣分包和劳务的专票，还能抵扣购置固定资产、完成增值税免抵退税、抵扣捐赠等所得税税款，减免支出等。