电子税务局上报水利建设专项收入的应缴费基数是水利建设专项收入的实际收入。根据《中华人民共和国税收法》的规定，水利建设专项收入的应缴费基数应包括水利建设专项收入所取得的利润、权益性投资收益、投资收益等收入总额。同时，水利建设专项收入所得非常收入也应被视为应缴费基数，包括非收费偿还资金、转发资金等。 拓展知识： 除了上述基数之外，水利建设专项收入还可以按照一定比例将相关产权许可使用权、专利使用权、商标使用权的实现费用纳入应缴费基数，以实现实际收入的全面归纳。此外，税务部门还要求水利建设专项收入的应缴费基数不得低于投资金额，以保证有效税收管理。