电子税务局和电子社保局是两个独立的系统，它们之间的数据是不共享的，所以电子税务局显示社保费申报并且缴纳了，而电子社保局还是提示单位欠费，就可能是由于电子社保局的数据未及时更新造成的，也有可能是电子税务局的申报数据被更改造成的，可以通过查看单位在电子社保局的欠费记录和电子税务局的申报数据，来找出究竟是哪里出了问题。另外，为了避免这一问题的再次发生，还可以通过建立以税收局为中心的电子政务系统，实现电子社保局和电子税务局之间的数据共享，从而使社保费的申报和缴纳可以有个统一的数据系统，避免社保费申报缴纳的漏洞和数据不一致的情况发生。