上月发票留底为零，但有一百万进项未勾选，本月是可以用来抵扣的。由于发票能充当抵扣凭证，二者之间可以相互抵扣，而进项未勾选是指上月发出进项发票却没有勾选，则本月也是可以使用这些抵扣发票的。具体的抵扣操作也要受到税收机关的规定和法律的约束，为了保障自己的权益，可以根据税收机关的规定和法律政策，以及公司的具体情况来进行评估和操作。 此外，在做税务上的操作时，需要注意的是以下两点：第一，遵守税务机关的相关规定；第二，发票的存档、书面证明和发票明细应做到完善、准确，以防止发生税务纠纷。