50万应纳税所得额的纳税处理方式由具体的情况而定。如果企业有持续多年的亏损，那么这笔50万可以直接弥补计算亏损，不需要预交税款，以后申请退款。但是，弥补了亏损后，企业仍没有利润，因此还是需要纳税，只不过是比以前少缴了税款而已。除了直接弥补亏损，企业还可以通过积极筹措资金，发展科技创新、拓展新业务，减少成本等，以获得更好的利润。另外，企业也可以借助政府的优惠政策，减免各种税费，增加利润。