水土保持补偿费应当进入在建工程的“建设支出”科目，“建设支出”科目是指建设工程实际发生的费用，包括施工安装费、设备购置费、设计费、施工人工费、运输费、材料费、行政费、监理费、水土保持补偿费等。 水土保持补偿费是把在建设工程工作过程中，破坏自然资源影响生态环境，给自然资源环境带来损害和损失的费用，通过预存的补偿费，以决策者的责任心，使被破坏的环境得到修复，恢复自然资源的生态状态。 拓展知识：水土保持补偿费的主要用途是对自然资源、环境所造成的损害和损失进行补偿，以加快环境的恢复，满足政府实施可持续发展战略的需要。另外，水土保持补偿费也可以用于实施环境保护措施和治理自然资源，以改善环境质量，增加自然资源的生态状况。