小规模免税增值税是按实缴税款的3%进行交纳的。水利基金是政府为利用水资源规划和管理设立的一项专款，通常由当地政府统一交纳。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第一百五十七条的规定，小规模免税增值税涉及的水利基金以实缴税款的3%交纳。例如，如果纳税人当期实缴税款为50000元，则其应交纳的水利基金也为50000元的3%，即1500元。 拓展知识：税收法对水利基金的使用有严格的规定，全国各地都会建立本地的水利基金，一般用于改善当地水资源的利用和管理。水利基金的收入大多来自当地政府的税收，但也可以来自当地内外捐赠，甚至国家财政转移支付。多数水利基金会将收入用于当地水利设施建设以及水资源保护和开发，以提高水资源利用效率和水质。