民间非营制组织开具专用发票的税率应按照《财政部、国家税务总局关于进一步支持民间非营制组织发展的通知》的规定执行。根据该文件的规定，民间非营制组织开具的增值税专用发票（税率为3%）、普通发票（税率为6%）均免征增值税。在开具普通发票时，民间非营制组织可将该发票注明“受益人免征增值税”字样，受益人在报销费用时可按照该文件的规定免征增值税。 拓展知识：此外，《财政部、国家税务总局关于进一步支持民间非营制组织发展的通知》还规定，民间非营制组织收入所得税费用可按照国家新一轮减负税收政策规定的标准享受减负税收优惠，加大减负力度，支持非营制组织发展。