若公司因某种原因需要注销，而已经交过的增值税发票需要进行冲红，将会存在退税不退的情况。针对此类情况，公司应该在发票冲红核准之后，向主管税务机关申请撤销已缴纳的税款，若撤销申请不成功，则可以在主管税务机关设立的指定银行开设备用款专户，将未退的税款存入该专户，以保证税款安全，并对未能及时退税问题不产生进一步影响。 此外，公司还可以事先将已经付出的税款记录在财务报表中，以保证税款的准确性和可靠性，避免税务稽核时受到相关影响。尤其是在非正常余额账户时，应详细筹划税款存入方式，以保证税款得到有效的管理和使用。