是的，合作社放弃免税后变为一般纳税人，开具苗木发票的税率为9%。 具体来说，一般纳税人的收入，无论是本期货收入还是销售收入，均需缴纳企业所得税，而企业所得税的税率为9%，因此合作社转换为一般纳税人后，开具苗木发票的税率也是9%。 但如果公司销售苗木的销售额低于50万，此时可以申请准予简易计税时，苗木销售的税率就降低到3%了。同时，除了一般纳税人上述的9%税率外，小规模纳税人也可以享受3%的税率，而这种情况并不限于苗木类，凡是销售额低于50万的，都可以申请享受3%税率。 拓展知识：有关税率的计算，还应注意一些专业术语，例如承包所得税、契税、个人所得税等，具体税率请以财政部发布的最新税务指南为准。