小规模纳税人在申报增值税时，应当将46万销售额填在小规模二季度销售额中。这意味着，小规模纳税人按季度申报增值税时，每季度的销售额的金额都不同，并且申报时要将每季度的销售额填写在对应的季度中。在计算税额时，应根据当季度的销售额，以及当季度的应纳税额，计算税额。小规模纳税人的销售额不超过10万元时，可以填写免税销售额，不用缴纳增值税。因此，小规模纳税人在申报增值税时，46万销售额应当填写在小规模二季度销售额中，而不是免税销售额中。 此外，小规模纳税人申报增值税时还要注意一些其他事项，如确定计税方法、确定税率、把握税负金额等。以上这些事项都是小规模纳税人申报增值税时必须注意的重要内容。