关于您问题，您公司已经开具10000元发票作为收入，但是后来又给对方返回1000元的款项，做账的话应当按照下列流程进行： 1.记账时，将收入10000减去退回款项1000，得到净收入9000元作为有效收入； 2.将开具的10000元发票作为销项税票，计算应纳税额，并减去9000元净收入，计算应退销项税票； 3.将1000元的退回款项记入‘其它收入’，同时计算应纳的进项税； 4.将净收入9000元以及上述收税记入‘收益’科目，完成记账。 拓展知识：在税收方面，退票或者报损的款项要根据实际情况分别做账，若有原收入发票，则需要做负销项税票；若为原支出生成返票，则需要做负进项税票。