税务稽查补交税款的账目处理应分三步：首先，计算税款金额，以便明确补缴税款数额；其次，安排应缴税款，借支付宝、微信、汇票等支付渠道，由企业负责补缴税款，可以提高支付效率；最后，通过税务局的系统，进行账务核对，确认税款已经补缴完成。拓展知识：补缴税款应及时归还，如果没有及时支付税款，税务稽查机关可以向企业强制执行，有可能面临单位经营资格被撤销、财产被查封等后果，企业经理可以面对大额罚款，甚至被判刑，责任人将承担全部责任。