是的，如果农民代开发票给公司，赔偿款可以免税。但是，在给农民开具发票之前，需要先确认该赔偿款已经成为农民的收入，即该农民已经完全拥有赔偿款的所有权利。这是因为，根据《中华人民共和国税收征收管理法》，收入只有当取得者实际拥有此收入时，该收入才可被认定为取得者应税收入，也就是所谓的税务合规性。另外，如果农民可以提供足够的证据，证明赔偿款已经入账，公司也可以向中国税务机关申请不征收个人所得税。 拓展知识：根据税收法规，取得者从第三方获得的收入应按照征税比例缴纳个人所得税，其中包括从企业收到的补偿、赔偿金。但是，有些特殊情况下，收入不需要缴纳个人所得税，比如从政府办事机构获得的补偿金、赔偿金等。