根据《中华人民共和国发票管理条例》规定，企业发出的5万元工程款发票，应交纳增值税，增值税以计算应纳税额扣除4%进口增值税，纳税人可以适用免税政策。 计算方法如下： 1、根据发票金额，算出税额：5万元X17% = 850元 2、减去进口增值税：850元X4% = 34元 3、最终应纳税额：850元-34元 = 816元 拓展知识： 增值税计算方法：税负率×（发票金额-进口增值税）=应纳税额，一般增值税税率为17%，进口增值税的计算方法为：发票金额×进口增值税税率=进口增值税。