答：是的，勾选的进项发票与做账时的税额要一致。当公司认证过的进项发票与做账时产生的税金出现出入时，其出入原因可能有：1、做账时未申报全部可以抵税的进项发票；2、税务机关核定差异为产品成本变动和/或投资抵税等原因。此时，公司可以根据有关文件证明其出入原因，申请补税或减税。 拓展知识：根据《企业所得税暂行条例》的规定，税务机关认定的企业税负过重、无法确认的，企业可以自行报税、支付税款，然后申请税收减免、税收返还，以减轻税负。