个税申报系统处理上月未发工资的情况要遵循财政部、国家税务总局、财政部国家税务总局有关规定。按规定，一般当期到账的应纳税所得额应当采取“以同月发放或者计算为准”的原则，即当期发放的工资应纳税所得额均按月累计计算，不论实际发放的时间是否跨月，也不论员工是否连续发放。可以将未发或延期发放的工资合并到当期发放的工资中，享受本月应纳税所得额应税减免政策。 拓展知识：个税申报按月申报，要注意每月末收入及其相应的税费等细节，及时更新个人所得税信息，及时完成申报，如果未及时完成申报，可能会产生税务处罚。