处理有部分退款的开票情况，首先要根据相关财税法律规定进行处理，在有部分退款情况下，原发票及退款发票均要依据实际情况登记入账并确认涉税事项。根据《增值税发票管理办法》的规定，当销售方有退货情况发生时，应在发票上登记“折让”字样，记载折让金额及原因，同时做好客户缴款清单，具体流程如下: 1、由销售方根据实际情况开具一张“原发票”和“折让票”，原发票及退款发票均需填写购货方名称、纳税人识别号，开票金额、税额、价税合计，并登记“折让”字样，记载折让金额及原因； 2、收款方将原发票和折让票开具的税额相加，报税系统中登记抵扣本期退税； 3、收款方同时将原发票和折让票金额汇总，并做好客户缴款清单，并登记到现金账户； 4、收款方将原发票和折让票及客户缴款清单一并报送税务机关备案。 在有部分退款情况下，要按照税收法规和报税制度，合理进行退款折让登记，准确登记开票金额、税额和价税合计，以免影响纳税义务的正常履行。此外，发票的折让也是一种征税的行为，所以在进行发票折让时一定要谨记遵循税收法规和报税制度，以保证发票的准确性，避免造成税务稽查的不必要的麻烦。