根据相关法律法规规定，专项附加扣除原则上是要在个人所得税申报表填报，要求纳税人填写完税务机关提供的申报表后，将其盖章并附上相关证明材料，递交到税务机关备案的。如果纳税人在个税系统中输入了资料，税务机关也会根据纳税人提供的资料开展审核，但个人仍然要办理盖章及附证材料等专项扣除申报手续。拓展知识：在提交专项附加扣除申报材料时，纳税人应携带本人身份证、户口簿、社保卡等身份证明材料，准确填写税务机关提供的申报表，并附上相关申报资料，专项附加扣除申报资料要求完整、细致、准确。