在员工工资中，应当将扣款计入到“薪酬专用科目”中，该科目由薪酬总账科目构成，主要科目包括应发工资、社会保险费、工会经费、工资奖金及津贴、补贴和职工教育经费等。将员工工资中的扣款，应当按照扣款项目的性质，分别计入每一科目，简单计入一科也可以，但要清楚记载每一项扣款的明细情况和金额。 拓展知识：薪酬科目的构成可以由员工的薪酬构成和其他费用构成，其中的应发工资包括基本工资、津贴、加班补助、奖金等，应扣缴的社会保险费包括养老保险、失业保险、医疗保险、住房公积金等，应扣的个人所得税，考勤扣款，违纪违章扣款等。