根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，收入减去捐赠后的应纳个人所得税额为3000元。 具体计算方法：该设计师的应纳税额=收入额（40000）-（收入额-5000）*税率-速算扣除数=40000-（40000-5000）*20%-5000=3000元，即该设计师应纳个人所得税3000元。 拓展知识： 个人所得税的税率经历了三次调整，从最初的5%调整到10%，再到20%，再到现在的25%。税率除了不同的范围不一样，收入额超出某个范围之后，税率会发生变化。因此，要想准确计算应纳税额，需要了解最新的个人所得税法规定。