农业公司销售自产农产品应缴纳增值税和企业所得税，但根据国家税务总局发布的关于简化税制的通知，有特殊情况可以免缴税。农场、农户经营农产品贸易，属于农副产品交易，根据国家规定可以免缴增值税，但企业所得税要及时申报缴纳。水利基金是每个企业按照规定的收入比例所缴纳的一种税种，是政府收支的一种重要收入来源。因此，农业公司也需要按照所得额支付水利基金。 此外，作为农产品生产和销售企业，还需要按照国家现行的政策法规，关注农产品价格变化，注意政策的变化，积极运用市场化、贸易化措施，控制本地农产品市场价格波动，保护自己的利益。即要掌握自己的产品价值，努力提高竞争力，做到学习、预测、监测，做到联络、调整、招揽，以期在市场中获得更高的价值回报。