企业申请开具运费发票的情况，应当依据《企业所得税税收征收管理办法》有关规定，采用进项税额减除法入账。相关税费的具体入账步骤如下： 1、企业凭其所得税税收凭证，在购买物品、接受劳务等经济活动中，将税额中扣除收入账簿证明项目录入总账； 2、企业需要在运费发票上填写真实的税额及付款金额，经核对准确后，按照相关的税率进行计算，将税金全部缴纳完毕； 3、将税额从购买物品、接受劳务等经济活动中的应交税款中扣除，以减少企业的期末纳税义务； 4、在总账中证明税金支出，在应税款中扣除，完成企业代开运费发票的入账完毕。 此外，在企业代开发票过程中，还应当特别注意发票的正确张贴，以免出现不当税款，影响企业的正常纳税。 拓展知识：代开发票是指非税务机关指定的税务机关发票的发票业务。代开发票的主要税种有增值税发票、消费税发票、营业税发票等，企业在申报纳税时只要持有代开发票凭证就可以在网上完成税务申报。