甲公司财务处理方法为： 1、根据发生纠纷，重新核实发票、当月入账，及乙公司未付款金额，确定最终应收账款金额，并标明优惠处理5%折扣。 2、根据应收账款金额，以书面形式催收，要求乙公司在规定日期前完成支付。 3、如果乙公司未能在规定日期支付，甲公司需采取法律手段追索账款。 4、当乙公司支付完成后，甲公司需要及时将实收资金记入财务档案，同时进行销账的操作。 拓展知识：财务处理的具体流程，一般包括采购合同的签订、发票的开具、收票记录、核实账款金额、催收应收账款、执行追索权、收款记账、财务核销等环节。从而保障从采购到收款全流程的完整、有效和规范运行。