总分公司所得税合并申报要按总分公司实际盈利来计提，即申报所得税时需以总公司的100元来计提。 合并申报所指的是，总公司和分公司之间在申报所得税时可以直接合并纳税，此时由总公司作为税种主体，全部登记到总公司税务登记号下，完成报税登记，申报所得税，缴纳税款。总公司会按实际盈利100元来计提所得税，另外的分公司的亏损不计入计税范围，只需单独核实，独立确定其亏损情况，不影响总公司所得税合并申报。 在实际的科税管理中，推行的是企业分支之间的所得税合并申报和独立核算。合并申报是指交纳税款的实体把全部税负合并登记，分支机构申报所得税时，直接把负税责任转移给主管税务机关，这种形式实行后，可以降低企业与主管税务机关之间税收管理的后勤工作和企业交纳税款的劳动力，提高税收管理的效率。