首先，应按照财务会计准则，建立市级科企入库奖励账户，将入库奖励记录在此账户中；其次，在录入收入时，应当将入库奖励账户中的相关资金记入其他收入项中；再次，在录入支出时，应当将入库奖励账户中的相关资金记入其他支出项中，以保证奖励的真实性；最后，正确地记录相关的财务报表，如收入支出表、资产负债表等，以明确入库奖励的有效性及处理流程。 拓展知识：会计处理市级科企入库奖励还需要注意，入库奖励有一定的可抵扣税费，企业要根据相关税收政策，准确统计入库奖励的可抵扣税费数额，进而纳税，杜绝漏税行为。