当两个部门独立核算时，账务应通过将部门和账簿分离的方式来完成管理。首先，利用软件、硬件等信息化工具，设立分类账和明细账，将各部门的账务部分进行分离。其次，严格执行科目之间和部门之间的管理原则。每个部门都应当登记自己所拥有的财产，严格保护财产安全，完成账务管理工作。最后，在多元素考虑下，形成独立的凭证报表，如资产负债表、利润表、现金流量表等，以及其他报表。如此，就可以实现两个部门账务的分开处理，凭证报表也可以分开完成。 拓展知识：在独立核算的过程中，相关法律、法规、会计准则也是必不可少的，为了确保核算的准确性，应当做好各部门的双重管理和监督工作。另外，管理者也应当定期进行审计，以确认账务是否正确完成独立核算，及时发现存在的问题和缺陷。