经过申请工会退回的40%的工会经费要做帐，应该按照一定的会计准则进行处理。首先，对于申请工会退回的经费，可以采用会计原始票据凭证的形式或只登记核销的形式，记载申请的资金收入，并以此记支付的资金。其次，在支出解决的过程中，要按照实际情况准备支付及支出凭证，并完成支付登记，归档会计凭证，包括政府采购凭证、固定资产使用凭证、劳动争议保证金决议书，工资发放凭单等。最后，应当做好申请工会退回的经费的结账及冲帐工作，了解所有的会计凭证及账目支付情况，依照政府有关规定，及时将多余的资金转入财政预算管理平台，完成资金审计报告，并正确登记会计报表。 拓展知识：会计准则指的是会计系统里如何记账，以及账目该如何报告，使用会计准则旨在确保财务会计报告是及时、准确、完整和有效的。