在发票综合服务平台勾选抵扣认证发票，电子税务局客户端上发票采集可能不显示认证的进项发票数据的原因是，因为在该发票综合服务平台的抵扣认证发票实际上需要经过税局的审核，且审核后才会在发票综合服务平台上显示认证的进项发票数据，而电子税务局客户端上发票采集显示的是未认证的进项发票数据，所以在发票综合服务平台勾选抵扣认证发票后，可能在电子税务局客户端上无法及时看到认证的进项发票数据，但在发票综合服务平台上可以立即查看。此外，可以保证报税时，认证的发票数据已经上传，电子税务局客户端上发票采集也会显示认证的进项发票数据。