房地产开发收到的预交款按照国家的税收政策，应收增值税额为发票金额扣除不可以增值税项目（例如其他费用、抵扣及免税项目等）后的应税金额的税率来确定，一般为6%，可以在考虑到合营开发的情况下有所区别，企业可以按照国家的实施税收优惠政策，对纳税义务人根据不同税种享受优惠税率。 例如，房地产项目增值税一般按照6%的标准来缴纳，但在实施蹊径促进政策的情况下，可以根据不同的发票金额来享受优惠税率，如增值税税率可以由6%降低至3%，而合同订立2年以上的房地产项目开发企业在收取预交款时可享受减半的增值税税率。 此外，房地产开发收到的预交款也会受到其他费用的影响，如仓储费用、运输费用、管理费用等等，这些费用不可以计入增值税，因此有可能产生商品价值降低等影响。