处理方法是，针对这类没有收到发票，但是进项税额已经抵扣认证的情况，应该在申报表上做进项转出。进项转出就是把未收发票的进项税额从账簿上抵扣掉，但是也要留有相应的文字说明，记录未发票的凭据，这样申报表才能安全的过审。另外，我们知道企业需要维护良好的商业信誉，所以一定要拿到发票后及时的做好相关的记录和登记，以免影响企业的商业信誉。企业也可以向发票收发拆分方或者发票销售方请求补发发票，及时弥补发票缺失的影响。