在向远大公司发出产品，增值税专用发票上注明贷款40000元，增值税率百分之13的情况下，第一步需要公司计算出应付增值税的金额，根据贷款金额40000元和增值税率百分之13可以计算出增值税为5200元。接着，公司需要在增值税专用发票上明确贷款金额40000元、增值税金额5200元、应付金额45200元；在支付完45200元后，经过双方协商确认剩余的金额需要以退货或其他方式补偿给客户。 此外，增值税是按照国家规定落实的一种消费税，它由纳税人在购买和使用消费品时，应缴纳的税款，是国家对企业和消费者所征收的一种收入税。增值税一般分为营业税、消费税、财产税和其他增值税，已成为国家财政收入的主要来源。因此，各企业在发行产品时，应认真履行税务缴纳义务，以免给自身带来不必要的损失。