是的，自然人股东转让股份应当申报印花税。根据《中华人民共和国印花税法》第三十三条规定，转让股份的收购者应当在获得股份后15日内，在受转让地纳税机关处缴纳印花税，否则应当按照当地税务机关的规定，按照双倍标准缴纳补缴印花税。同时，受让方也应该报送相关财务资料给税务机关，用于计算印花税的应纳金额。 拓展知识：印花税是国家对股权交易行为实施征收的一种税收，其应纳金额依据交易金额和发行价格而定。另外，任何跨境股权交易都需要缴纳印花税，否则可能被视为逃税行为，受到重罚。