被清算资金过渡户扣的款，一般情况下会回来的。清算资金过渡户是指在清算机构进行资金清算时，被扣下来的资金，供清算机构将其进行清算，不参与实货交易。总的来说，清算资金过渡户的款项会最终返回给投资者，但由于清算的复杂性，需要一定的时间。因此，投资者可能需要耐心等待，直到清算机构完成清算，资金才会逐笔返回给投资者。拓展知识：在投资及清算过程中，清算机构可以申请央行开立清算资金过渡户，作为投资者和清算机构之间的资金桥梁，把不参与实货交易的资金进行清算，以防止市场资金流动性不足。