您可以尝试向税务机关申请退税。根据《中华人民共和国个人所得税法》，缴纳所得税时，若发现税款有多缴，则可以申请退税。在此情况下，您需要提交税务机关拨出的缴款凭证，多缴税款金额，缴税原因等资料，可以申请税务机关退还这1000元。另外，您也可以把这1000元作为自己所得税的减免申请，例如有发票证明等，随着个税改革，新的减免政策的出台，您可以尝试向个税机关提出申请，有可能申请成功，获得税款的减免。