是的，建筑公司农民工专户的款可以以公司开劳务发票直接支付给劳务公司。根据中国法律，劳务报酬一般分为计件工资、时薪工资和包干工资，与劳动者签订劳动合同而形成的所有义务都应支付计件、时薪或包干工资。法律规定，劳务公司应按照劳动者签订的劳动合同，以发票形式，向雇主收取劳务报酬。因此，建筑公司可以直接向劳务公司开劳务发票，并使用其农民工专户的款来支付相应的发票。 此外，为了保证劳动者的权益，建筑公司还需要做好劳务管理和支付等工作，需要定期确认劳动者的身份，并实现账目核对和查账等工作，以确保劳务报酬的正确支付。