当企业分立时，若适用特殊性税务处理，那么转让分立企业股权时，应当另外缴纳税款。税款的缴纳，一般包括个人所得税和印花税。其中，个人所得税的缴纳，需要根据转让股权的价格，依法缴纳按20%的税率计算出的税款。而印花税，主要是针对股票转让，一般税率为0.1% ，其具体税款金额，也取决于转让股权的价格。除此之外，若公司股权分立后，股权转让发生在原有公司的年度内，则转让后的企业应当计算应纳税收入以及其他税务，以便正确申报税值。