是的，司机个人去税务局代开运输发票，需要缴纳税款。司机需要在税务机关按规定的期限内，按照上期纳税申报书报出应缴纳的税款，以及收取本期发票时应缴纳的增值税、消费税等税款。为了确保营运发票准确缴纳个人所得税，司机可以到税务机关缴纳税款，并根据相应收据等在发票上作出标注，凭此进行申报及核定。此外，司机还需要定期将所得税和发票主管部门做出的款项汇总报告上交税务机关进行审核，以获得有效的税收减免。 拓展知识：个人司机在代开运输发票时，不仅需要交税，还需要定期进行记账。司机需要精确记录本期发票的营业收入及相关的成本、税金、利润等，以便核算公司的月度收入利润以及准确计算个人所得税。