支付工程违约金应该记入费用科目，费用科目包括各类支出支出，包括各种支付费用、五险一金、职工费用等。费用科目需要明确结算的支出性质，根据不同的支出性质再加以分解，以便体现结算对象、账务处理方式。所以，把支付工程违约金记入费用科目，这样可以让账务处理清晰，易于统计分析。 拓展：支付工程违约金只是在费用科目中单项支出的一部分。在这一科目中，还包括坏账准备、公开投标费用、税金、办公费、差旅费、管理费、广告费、行政费用等等。费用科目对企业的运营而言是非常重要的，可以帮助企业分析费用的类型及月度变化情况，有利于实现全面的财务管理和高效的成本控制。