在煤炭交易中，运输费发票和煤炭发票是不同企业开出来的，且有可能分开开具，进项发票做什么科目就要看发票的具体内容。一般情况下，如果这两种发票是分开开具的，运输费发票可能是归到在运费支出科目，而煤炭发票则属于货物购进科目。如果是一票制则应根据发票的内容，按照一票制的所得税发票科目进行分类。在分类的过程中，应注意发票的类别以及账务处理的相关规范。此外，在分类记录时，还要注意发票的增值税税率以及完整性，以确保与实际事项一致。