乙公司向甲公司购入的原材料，总价款为10万元，其中增值税13000元，已预付款65000元，至此原材料已完成购入，尾款未支付，但已入库。 在交易发生时，乙公司对款项应做如下处理：首先，将缴纳增值税（13000元）支付给甲公司，接着，支付预付金（65000元），最后，支付尾款（48000元）。另外，甲乙双方约定的支付时间应该在原材料入库之前，以便保持合同的有效执行。 拓展知识：在交易过程中，除了以上三种方式，尾款还可以以其他方式支付，比如使用信用证、以票据形式支付等。这些支付方式都可以根据甲乙双方双方的经济实力及支付能力而灵活变通。