发行短期融资券支付的交易费用应当根据具体情况进行处理。一般来说，企业在发行短期融资券时，发行费用和相关的投行服务费用都要支付交易费用，这些费用可以由发行企业以当期现金支付，也可以用融资券支付。当融资券支付交易费用时，则会在发行费用中将融资券支付的部分交易费用纳入发行费用范畴，另外一部分交易费用纳入融资券发行成本，也就是融资利息支出中。此外，发行短期融资券时，发行企业还可能需要支付管理费用，例如业务处理费，这部分费用可以由发行企业以现金形式支付。 拓展知识：短期融资券是短期船舶融资行为中最重要的工具之一，是指在购买船舶货物时，卖方凭借短期融资券向买方展示其收款权，以确保付款的合法性和有效性的财务工具。短期融资券的发行一般由发行企业支付发行费用和相关的投行服务费，发行企业还可以申请融资，通过向银行或债权人借贷的方式得到融资，以满足融资券发行的成本。