可以的，根据《增值税发票管理办法》第七条的规定：“多个付款方或发票项目分类列报时，可以分开开具发票，但应当同时出示发票”，可见分开开具发票是允许的。对于对方公司的分公司，可以分别安排两个发票内容，并把发票号码全部填在一张发票上就可以了。 拓展知识：《增值税发票管理办法》实施后，将为增值税发票开票活动提供更为严格的规范和程序，保障发票的真实性，减少发票活动的违法和欺诈行为，促进增值税发票管理活动合规化。