公司自己缴纳进口关税和增值税的处理方法为：（1）公司应根据所开发票的信息，登记进口关税及增值税，分别记入费用科目（2）计算费用影响的税金，即进口关税和增值税，应根据具体规定由财务部门计量，当月发生并记入与税金相关的费用科目（3）当公司缴纳进口关税和增值税后，应做好应交税款的记录，并记入银行存款科目，记录贷项方为政府有关部门税务机关。 上述处理方法的基本原则是，公司应按照税收法律法规的规定对进口关税及增值税进行缴纳，并按正确程序完成税款缴纳记账处理。此外，公司可以采用税务优惠政策，如免税或减免税，减轻负担，另外，公司可以采取内部控制措施，以确保正确处理进口关税及增值税。