是的，公司注销时有其他应付款，股东可以申请退款，则应当缴纳个人所得税。 根据《中华人民共和国个人所得税法》，公司注销时股东申请退款，应当缴纳个人所得税。其中，退款额是按照收入所得级别缴纳税款，如果退款额超过3500元的，应当按照规定缴纳税款。 拓展知识： 公司注销时，有一些特殊情况需要缴纳税款，例如：股东追加投资的，股东增加投资的，股东发行股票的等，都必须缴纳营业税。同时，如果注销公司账户的财产转移给股东，股东应当按照规定缴纳转让税。