企业被罚留抵税额，主要是因为企业没有按时缴纳所得税、增值税或营业税。根据《中华人民共和国税收征收管理法》，税务机关可以对不按期缴税者处以滞纳金、罚款。税务总局发布《申报抵扣税额管理办法》，要求企业把不抵扣的税额，由会计师事务所进行登记，并定期向税务机关申报留抵税额，税务机关审核确认后，将会将该税额抵扣当期应缴税额；如果企业未按规定报送申报或不能证明税额的真实性，可能被罚款。 拓展知识：抵扣税额是民企可以利用的一项税收优惠政策，只要企业提交了合法可行的资料，税务机关将按照规定抵扣或调整税款，并有效减轻了企业的税负。