医保违规扣款的账务处理应该按照规范有条不紊地进行，包括向上级医保管理机构申报、在会计凭证中进行记录，每个步骤都应该十分认真。首先，医院必须将医保违规扣款情况和实施扣款的情况，按照上级医保管理机构的规定，报送上级医保管理机构，供其核查，待核查完毕，由上级医保管理机构给予结果；其次，应进行立账处理，在会计凭证中记录，包括发生总额、金额、供应方、收入方等内容，以记录本次违规扣款情况，留痕；最后，根据扣除金额，将扣除金额从相关方的账户扣除，并进行财务结算。 拓展知识：医保违规扣款是指在参保人以及实施医疗服务的医院和医疗机构违反《国家医疗保险条例》或《国家医疗保险支付规定》的情况下，上级医保管理机构按照相关规定对参保人或者实施医疗服务的医院和医疗机构等作出的财产处罚，或采取其他行政强制措施，从而实现损失的赔付。