水利基金专项收入的计税依据是《中华人民共和国税收法》，即根据《税收法》第十条的“收取水利基金专项税”的规定，其计税依据为：按照公安水利税收管理征收税源所收取的有形、无形性质的收入，包括：（1）各种类型的水利税收；（2）水利项目工程建设经营所得；（3）水利改革运行所产生的收入；（4）水利施工管理所得；（5）水利建设管理经营所得；（6）水利改革运行所产生的收入；以及（7）其他符合《中华人民共和国税收法》规定的收入等。拓展知识：水利基金专项收入，是指中央和地方政府收入体系中，与水利建设、运行和管理相关的特殊财政收入，是政府水利基金的重要来源。