这个税率差额应该由甲方负责处理。根据2019年5月1日实施的最新增值税政策，税率由16%调整至13%，从而产生了税率差额3%。甲方应一次性支付乙方税率差额，以弥补乙方受到的损失。 具体来说，甲方需要参考合同内容，根据19年7月份做机器货款结清时的税率（16%），核算乙方本次增值税应缴金额。然后，甲方将当期增值税实缴金额（13%）减去上述核算应缴金额，剩余的金额就是税率差额，应由甲方支付给乙方。 拓展知识：最新增值税政策还包括了征收优惠比例的调整，具体优惠比例可以参考国家税务总局政策文件。企业应根据最新政策进行相应的税收调整，以免耽误实现收入和减税的目标